Klinika Urologii rozpoczęła realną działalność kliniczną 1 stycznia 1951 roku. Kierownikiem Kliniki został mianowany prof. Zygmunt Traczyk, który zapewnił sale chorych i sale operacyjne na bazie zasobów III Kliniki Chirurgicznej, mieszczącej się wówczas w pawilonie VI szpitala. Początkowo Klinika obejmowała 45 łóżek rozmieszczonych w 4 salach chorych, salę operacyjną, dwie sale endoskopowe, salę opatrunkową oraz pracownię rentgenowską. Od pierwszych dni Klinika była wiodącym ośrodkiem naukowym (tylko w pierwszych latach działalności opublikowano ponad 100 prac naukowych) oraz dydaktycznym (prowadzono wykłady i ćwiczenia dla studentów ostatnich lat medycyny). Jednym z najważniejszych sukcesów naukowych Kliniki w ówczesnym czasie były doniesienia i publikacje prof. Traczyka nad zastosowaniem fal ultradźwiękowych w nieinwazyjnym leczeniu kamicy moczowej.

Po nagłej śmierci prof. Traczyka, od 2 stycznia 1953 obowiązki kierownika Kliniki pełnił doc. Jan Falkowski. W lipcu 1954 roku na stanowisko kierownika Kliniki został mianowany prof. Stefan Wesołowski, który funkcję tę pełnił przez 26 lat. Okres ten był okresem niezwykle dynamicznego rozwoju kliniki. Wprowadzono nowoczesne metody leczenia chirurgicznego, m.in. wykonano pierwsze w Polsce operacje przetoki cewkowo-odbytniczej, operacje odprowadzenia moczu z użyciem wstawki jelitowej u chorych poddawanych radykalnemu wycięciu pęcherza moczowego, czy zabiegi uzupełnienia górnego odcinka moczowodu przeszczepionym wyrostkiem robaczkowym. Jednym z najważniejszych dokonań prof. Wesołowskiego były zakończone sukcesem usilne dążenia do uzyskania oddzielnego budynku dla Kliniki Urologii. Po ponad 20 latach starań i 6 latach budowy, 4 stycznia 1971 roku przyjęto pierwszych pacjentów do nowej siedziby Kliniki Urologicznej, mieszczącej się w pawilonie VII. W budynku na 3 piętrach stworzono 3 oddziały – męski, żeński i dziecięcy, obejmujące łącznie 90 łóżek, blok operacyjny z 3 salami, pracownie rentgenowską, biochemii i mikrobiologii, bibliotekę z niezwykle bogatym księgozbiorem oraz salę wykładową, która stała się miejscem wykładów dla studentów oraz miejscem posiedzeń Warszawskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Urologicznego.

Po przejściu prof. Wesołowskiego na emeryturę, w październiku 1978 obowiązki kierownika Kliniki objął dr hab. med. Andrzej Borkowski. W kwietniu 1980 roku na kierownika Kliniki mianowano prof. Tadeusza Krzeskiego. W kolejnych latach w sposób szczególny w Klinice rozkwitła urologia dziecięca, szczególnie bliska prof. Krzeskiemu. Za badania nad leczeniem odpływu pęcherzowo-moczowodowego u dzieci zespół Kliniki został nagrodzony przez Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej w 1992 roku. Jednocześnie istotnie unowocześniono instrumentarium chirurgiczne potrzebne do leczenia chorych na kamicę układu moczowego. W 1984 roku powstała pracownia endourologii, w której przeprowadzono pierwszy w Polsce zabieg endoskopowego przezskórnego usunięcia kamienia nerkowego (PCNL). W 1988 uruchomiono pierwszą w kraju pracownię litotrypsji falami generowanymi zewnątrzustrojowo (ESWL). W Klinice w 1990 roku powołano Sekcję Endourologii i ESWL Polskiego Towarzystwa Urologicznego. Prof. Krzeski wprowadził ponadto do praktyki urologicznej nową technikę operacyjną wytwarzania pochwy z uszypułowanego płata pęcherza moczowego, stosowaną następnie z powodzeniem na całym świecie.

Po odejściu prof. Krzeskiego na emeryturę w 1992 roku, funkcję kierownika Kliniki objął prof. Andrzej Borkowski. W kolejnych latach kontynuowane było dzieło prof. Wesołowskiego i Krzeskiego. Klinika utrzymywała się w grupie liderów leczenia małoinwazyjnego kamicy układu moczowego, poszerzono jednocześnie zakres operacji onkologicznych i chirurgii prostaty. Istotnie wzrosła liczba wykonywanych operacji radykalnego wycięcia pęcherza moczowego z wytworzeniem zastępczego pęcherza jelitowego, operacji radykalnego wycięcia prostaty, nerki. Wprowadzono ponadto nowoczesne metody małoinwazyjnego leczenia chorób prostaty oraz uruchomiono pracownię badań urodynamicznych, która umożliwiła kompleksową diagnostykę pacjentów cierpiących z powodu nietrzymaniem moczu i zaburzeniami neurologicznymi dolnych dróg moczowych.

W październiku 2012 roku na kierownika Katedry Urologii został powołany prof. Piotr Radziszewski. Rozwój Kliniki po raz kolejny nabrał tempa, wznowiono szereg inicjatyw naukowych i szkoleniowych, jak i podjęto szereg wysiłków mających na celu poprawę warunków leczenia pacjentów Kliniki i pracy zespołu Kliniki.

Przez ponad 60 lat czynnej – klinicznej, naukowej i dydaktycznej działalności w Klinice pracowało ponad 100 urologów, z których większość uzyskała tytuł doktora nauk medycznych, 10 uzyskało tytuł doktora habilitowanego, 10 tytuł profesora. Lekarze Kliniki przygotowali 7 podręczników urologii, a wysiłki naukowe zaowocowały setkami doniesień i publikacji oraz licznymi nagrodami ministerialnymi i uniwersyteckimi.